ECHA przegląda bazę danych zarejestrowanych substancji i tworzy wstępne grupy na podstawie substancji o podobnej strukturze. Grupy te są sprawdzane pod kątem potencjalnych właściwości niebezpiecznych. Rejestracje, w których występują potencjalne luki w danych, mogą zostać wybrane do kontroli zgodności w celu sprawdzenia, czy wymogi informacyjne są spełnione. ECHA sprawdza również poszczególne substancje.Głównymi kryteriami wyboru dokumentacji do kontroli zgodności są: wysokie (łączne) wielkości produkcji; podejrzenie braków w danych dotyczących wyższych poziomów wymagań informacyjnych w zakresie zdrowia ludzkiego lub środowiska; wysokie prawdopodobieństwo narażenia ludzi lub środowiska (np. powszechne zastosowania lub niepewne informacje na temat zastosowań). ECHA zidentyfikuje również substancje, w przypadku których – na podstawie informacji otrzymanych w wyniku poprzedniej decyzji oceniającej – stwierdzono potencjalny nowy brak danych. ECHA może wybrać takie substancje do dalszej kontroli zgodności. Inne kryteria wyboru substancji do kontroli zgodności to np. rejestracje, w przypadku których jeden lub więcej członków wspólnego zgłoszenia zrezygnowało z informacji przedłożonych wspólnie.